Profilindpakningsmaskinen genererer en del affald og snavs under produktionsprocessen, som forurener de varer, der skal fyldes. Det er nødvendigt at udføre en grundig rengøring af tankvognen på dette tidspunkt. Mange vedligeholdelsespersonale for profilindpakningsmaskiner kender ikke arbejdsgangen og vedligeholdelsesteknologien for den æteriske oliepåfyldningsmaskine, så de håndteres ikke godt, når de rengør æterisk oliepåfyldningsmaskinen.
Ved indgangen til profilindpakningsmaskinen kan den ikke vaskes med vand og skal rengøres med et specielt rengøringsmiddel. Dette skyldes, at profilindpakningsmaskinen under påfyldningsprocessen bliver udsat for syre- og alkalikorrosion, og påfyldningsporten vil let ruste. Rengøringsmidlet kan effektivt fjerne rust. Påfør rengøringsmidlet jævnt på overfladen af profilindpakningsmaskinen, tør det derefter langsomt af med en fugtig klud og tør profilindpakningsmaskinen af. Til sidst tørres væsken på overfladen af profilindpakningsmaskinen med en svamp. Vent til maskinen tørrer naturligt i luften.
Generelt har profilindpakningsmaskinen en forholdsvis lang levetid, så det er bedst at rengøre æterisk oliepåfyldningsmaskinen med jævne mellemrum, og profilindpakningsmaskinen er ren.